"Мадагаскар 3" Нью-Йорк зоопаркінен қашқан арыстан Алекс, зебра Марти, керік Мелман және сусиыр Глорияның ұзақ саяхаттан кейінгі "үйлеріне" қайта оралу жолындағы тағы бір әрекетін баяндайды. Бұлар осы жолы пингвиндер мен маймылдар жасаған ұшақпен келе жатып, тағы да апатқа ұшырайды. Елге қайтуға үміт үзілді дегенде, тағы бір мүмкіндік пайда болады: егер олар Еуропаны аралап, өнер көрсетіп жүрген цирктің құрамына қосылса, Нью-Йоркқа да жетуге болады. Бірақ өнерлі жануарлардың қатарына қосылу да оңай емес…